Scorpion 3. Sezonunun 1. ve 2. bölümünde, Walter ve ekibi yeni bir tehlikeyle karşı karşıya kalır. CIA tarafından görevlendirilen ekip, Los Angeles'ı vuran büyük bir depremin ardından ortaya çıkan nükleer bir tehdidi önlemek için harekete geçer. Ancak, bu kez karşılaştıkları sorunlar ve zorluklar, ekibin yeteneklerini sınırlarının ötesine taşımalarını gerektirir. Walter, Paige ve diğer ekip üyeleri, hem fiziksel hem de zihinsel olarak zorlu bir mücadelenin içine girerken, bir yandan da aralarındaki ilişkileri ve bağlılıkları sınanır. Heyecan dolu anlar yaşanacağı bu bölümlerde, Scorpion ekibi, yine zekalarını kullanarak dünyayı kurtarmak için mücadele eder. Ancak, belki de en büyük düşmanları, kendi içlerindeki çatışmalardır.