Artık sahip olduğu gücü kendinden emin bir şekilde sergileyen Neo, insanüstü özelliklerle donatılmış olduğunun ve iletişime geçtiği her şeyin şifresini çözebilen üstün yeteneğinin farkına varıyor.Bununla birlikte hayatta kalmaya çalışan insanoğlu, tüm insanlığın geleceği için birer birer Matrix'e karşı gelmeye başlıyor. Başkaldıranların sayısı arttıkça makinalar dünyada son kalan gerçek şehir olarak kabul edilen, insanlığın direniş merkezi Zion'a saldırıyor.