Filmin uyarlandığı kitabın son bölümünde Thomas her şeyini kaybeder. Kayranlı arkadaşlarını, hayatını, hatıralarını? Son bir testin hemen peşinden deney tamamlanmıştır. Thomas, İsyan Organizasyonunun kendisine söylediklerine itimat etmemeye başlar. Çünkü onların söylediklerinden çok daha fazlasını hatırlamaktadır. Thomas labirenti yenmiş, Alev Deneyini geçmiş ve şimdi arkadaşlarını kurtarmak için akıl almaz bir mücadele içine girecektir.