Sene 2029. Dünya, Net sayesinde sınırsız hale geldi ve insanlar artık sanal dünyada yaşamaya başladılar. Düzen, süper kuvvetli ve istedikleri yere download olabilen polisler tarafından sağlanıyor. Japonya'da, Dışişleri Bakanlığı tarafından yaratılmış ve net ortamında istediği gibi hareket edebilen Project 2501 kod isimli bir süper ajan, bilgi denizinde kazandığı şuurla kendisine bir beden arayışına başlar. The Puppet Master (Kuklacı) olarak kendisini tanıtan ajan, onun varlığından habersiz hükümet istihbarat birimleri tarafından bir güvenlik tehditi olarak görülür ve yakalanması için peşine iki ajan takılır.