Japonya'da, Yarbay Yuki (Iseya Yusuke) "D Kikan" adında ajan eğitim okulunu oluşturuyor. Bu sırada Kato üstten gelen bir emri takip etmeyi reddetmesinden dolayı idam cezası ile karşı karşıyadır. Kato ardından "D Kikan" tarafından keşfedilir ve zorlu bir eğitimden geçip bir casus olarak ilk görevini alır. Amerikan büyükelçisi Ghram'ın "Black Note" (Kara Not) adındaki belgeleri ele geçirmek mecburiyetindedir. Bu notları almak için çabalarken Rin adında gizemli bir kadınla tanışır.